Penerimaan calon mahasantri dilakukan berdasarkan atas hasil placement test mahad juga SK rektor dan direktur yang menetapkan mahasiswa/i baru IAIN Syekh Nurjati Cirebon untuk mendapatkan kesempatan belajar memahami dan pelajaran di Ma’had. Materi Pembelajaran di Ma’had terkoneksikan dengan lembaga lain yang ada pada instansi, seperti materi Al-Quran terhubung dengan PPTQ, Keislaman pada pemahaman Praktik Ibadah yang ada di setiap jurusan, Bahasa Arab dan Inggris dengan PPB dan materi pembelajaran lain seperti tsaqofah ma’had atau kepesantrenan yang bermanfaat bagi mahasiswa baru. Menjadi penting empat materi pelajaran dan lainnya tersebut penerimaan calon mahasantri dilakukan dan melayani calon mahasantri yang mendaftarkan di stand pendaftaran di gedung ma’had lama dan dikarenakan mahasiswa baru yang mendaftar di IAIN mencapai kurang lebih dua ribu delapan ratus mahasiswa baru/i dan tidak semuanya memiliki kesempatan dan bisa ikut program ma’had dengan masih terkendalanya jumlah gedung ma’had dan sejumlah fasilitas penunjang asramanya.
Penerimaan calon mahasantri angkatan XV gelombang kedua dilakukan pada tanggal 29 Januari sampai 11 Februari 2018. Jumlah calon mahasantri yang telah di SK kan berjumlah 684. Namun, hingga akhir tanggal penerimaan tercatat hanya mencapai 523 saja. Sedang angkatan XIV gelombang pertama dilakukan pada tanggal 4 sampai 19 September 2017 dengan jumlah calon mahasantri terdapat 684. Namun, lagi-lagi hingga akhir tanggal penerimaan calon mahasantri yang tercatat dan mendaftarkan diri hanya mencapai 521 saja.
Adapun administrasi untuk melengkapi aplikasi pendaftaran di ma’had hanya mengisi formulir dan surat pernyataan untuk mahasantri di mahad yang telah disediakan oleh pihak pengelola ma’had. Formulir sendiri merupakan jalur administrasi yang berisikan data diri pribadi calon mahasantri dengan disertakan nomor handphone orang tua dan riwayat penyakit yang dimiliki yang nantinya untuk ditempatkan di lantai yang lebih dekat jalur evakuasi ketika penyakitnya kambuh dan surat pernyataan sendiri dimaksud tak lain ialah bentuk kesadaran diri dengan sadar untuk menjadi mahasantri dan patuh akan peraturan yang berlaku di ma’had dengan tanpa adanya paksaan orang pun berjanji untuk merawat, menjaga dan berjanji untuk mengganti fasilitas umum yang dirusak oleh calon mahasantri bersangkutan.