Ma’had Al-Jami’ah UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon lahir sebagai respons terhadap kebutuhan mahasiswa akan lingkungan akademik yang tidak hanya berorientasi pada pencapaian intelektual, tetapi juga pembentukan karakter berbasis nilai-nilai keislaman. Sejarah pendirian Ma’had ini berawal dari transformasi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Syekh Nurjati Cirebon, yang sebelumnya bernama Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Cirebon Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Gunung Djati Cirebon.
Sejak awal berdirinya, institusi ini memiliki mandat utama sebagai pusat pengkajian dan pengembangan ilmu-ilmu keislaman. Terletak di wilayah Tiga Cirebon yang dikenal dengan kehidupan masyarakatnya yang religius, UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon memiliki kedudukan yang strategis dalam membentuk citra Islam yang moderat dan berwawasan luas. Keberadaan Ma’had Al-Jami’ah semakin mengukuhkan peran universitas dalam membina mahasiswa agar memiliki 4 pemahaman Islam yang holistik, berbasis ilmu pengetahuan, serta tetap menjaga nilai-nilai kebangsaan.
Dalam perjalanannya, Ma’had Al-Jami’ah mengalami perkembangan signifikan dalam pola pembelajaran dan sistem pendidikannya. Program-program yang dijalankan di Ma’had tidak hanya berorientasi pada pemahaman keagamaan yang mendalam, tetapi juga pada penguatan bahasa Arab dan Inggris, serta pembiasaan tradisi akademik berbasis pesantren. Dengan demikian, Ma’had ini tidak hanya menjadi tempat tinggal mahasiswa baru, tetapi juga sebagai pusat pembinaan yang komprehensif dalam mencetak lulusan yang berintegritas dan berdaya saing tinggi.